藥物篩選新技術(shù)及其應(yīng)用進展
醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)是事關(guān)國家未來經(jīng)濟社會發(fā)展的重要戰(zhàn)略性產(chǎn)業(yè),是世界公認(rèn)的最具發(fā)展前景的國際化高技術(shù)產(chǎn)業(yè)之一。新藥研發(fā)帶來的新技術(shù)創(chuàng)新和新品種上市是推動醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)發(fā)展的源動力。隨著現(xiàn)代科技的發(fā)展,計算機模擬設(shè)計、化學(xué)合成、生物提取、天然產(chǎn)物提取等領(lǐng)域的技術(shù)突飛猛進,使得目標(biāo)化合物的獲取更加快速高效,并在此基礎(chǔ)上建立了以來源、結(jié)構(gòu)、作用等不同特點進行分類的各種化合物庫,化合物庫的樣品數(shù)量從幾百到上百萬不等。如美國 ChemDiv 公司擁有全球最大的小分 子化合物庫,除了目前庫存的125 萬種化合物以外,每年以15 萬種新化合物的速度遞增。我國的化合物樣品庫儲量在2015 年將超過100萬個,具有結(jié)構(gòu)多樣化、存儲專業(yè)化、管理集中化、信息系統(tǒng)化和質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)化等特點。如何從海量的化合物中篩選出有藥理活性的化合物或先導(dǎo)化合物,是目前醫(yī)藥行 業(yè)的研究熱點之一,也是各科研院所、醫(yī)藥公司傾力投資發(fā)展的一個重要方向。
藥物篩選是指對可能作為藥物使用的各種物質(zhì),包括化學(xué)合成的化合物、蛋白多肽、天然產(chǎn)物、 海洋產(chǎn)物等,應(yīng)用適當(dāng)?shù)暮Y選方法和篩選技術(shù),檢測其可能存在的藥理活性,為開發(fā)新藥提供實驗依 據(jù)的方法,是連接藥物從實驗室研究到臨床應(yīng)用的重要紐帶,也是提高研發(fā)效率、縮短周期、減少成本、降低風(fēng)險、使新藥研發(fā)能夠持續(xù)進行的關(guān)鍵。藥物篩選的歷史悠久,所采用的技術(shù)、方法也在不斷進步,新技術(shù)的應(yīng)用,促進了藥物篩選的發(fā)展和進步。應(yīng)用新的藥物篩選技術(shù)也成為醫(yī)藥科學(xué)研 究的重要內(nèi)容。本文就近年來新發(fā)展的藥物篩選技術(shù)并結(jié)合現(xiàn)有的藥物篩選技術(shù)及其應(yīng)用進行了簡要綜述,主要包括高通量篩選技術(shù)、高內(nèi)涵篩選技術(shù)、表面等離子體共振技術(shù)及微流控芯片藥物篩選 技術(shù)。
1 高通量篩選技術(shù)
1.1 高通量篩選技術(shù)的發(fā)展
高通量篩選( High throughput screening,HTS) 技術(shù),首先需要配備快速處理樣品的全自動工作站,靈敏快速的檢測儀器和強大的計算機控制系統(tǒng)等硬件設(shè)備,以分子水平或細胞水平的實驗方法為基礎(chǔ), 以微孔板作為實驗工具載體,通過程序控制,同一時間對數(shù)以千萬的樣品進行檢測,并以相應(yīng)的數(shù)據(jù) 庫系統(tǒng)支持整體運轉(zhuǎn)的技術(shù)體系。HTS技術(shù)大多是以光學(xué)檢測為基礎(chǔ)而建立的分子水平或細胞水平 的分析檢測方法,包括光吸收檢測、熒光檢測、化學(xué)發(fā)光檢測等。由于HTS 在創(chuàng)新先導(dǎo)物的發(fā)現(xiàn)過程中具有快速、高效、微量等特點,雖然其出現(xiàn)只有幾十年時間,卻已在全世界新藥研究機構(gòu)、大型醫(yī)藥公司的創(chuàng)新藥物發(fā)現(xiàn)過程中廣泛應(yīng)用。HTS 模型以分子水平居多,篩選的靶點包括離子通道、酶和 受體等。HTS通常以單一的篩選模型對大量樣品的活性進行評價,從中發(fā)現(xiàn)針對某一靶點具有活性的樣品。靶標(biāo)庫和化合物庫的建立,不僅為創(chuàng)新藥物的發(fā)現(xiàn)提供了機遇,也對 HTS 效率提出了新的要 求,使HTS朝著日篩選規(guī)模越來越大,速度越來越快的方向發(fā)展。目前已形成了可日篩選10 萬樣次的 超高通量篩選技術(shù)( Ultra high throughput screening,uHTS)。
1.2 高通量篩選技術(shù)的應(yīng)用
潘麗等建立了穩(wěn)定可靠的以轉(zhuǎn)導(dǎo)與轉(zhuǎn)錄激活子( STAT3) 為靶標(biāo)的抗腫瘤HTS模型,應(yīng)用該模型 對8,248 個潛在的抗癌藥物進行篩選,抑制率在80%以上的有5 種,在500 μmol/L 藥物濃度下,化合物MDC6 的抑制率最高為92%,為后續(xù)MDC6 的抗癌研究提供了可靠的前期數(shù)據(jù)。羅睿等建立以蛋白激酶A為靶點的抗結(jié)核藥物HTS模型,利用該模型對4,000個微生物發(fā)酵液粗提物樣品進行篩選,最終得到21個抑制蛋白激酶A 活性的陽性樣品,陽性率為0.53%;以恥垢分枝桿菌和海分枝桿菌為檢定菌,平板紙片法檢測陽性樣品的抗分枝桿菌活性,然后對HTS 篩選的陽性樣品的細胞毒性和酶活抑制特異性進行評價,最終得到8個陽性樣品,其中有4個陽性樣品的酶活抑制特異性、抗菌活性均較好,且細胞毒性較低,證明該篩選模型得到的陽性藥品值得進一步研究。隨著耐藥菌株的出現(xiàn),抗生素的研發(fā)變得更加緊迫。應(yīng)用HTS技術(shù),能快速從人工合成化合物庫或天然產(chǎn)物化合物中篩選出具有潛在抗菌活性的物質(zhì)。Duetz等提供的高通量發(fā)酵技術(shù)能在96 孔板中進行菌種發(fā)酵,發(fā)酵過程能與自動化的提取和掃描平臺整合。該方法能夠在較短時間內(nèi)研究多達20 種不同的培養(yǎng)基質(zhì)對微生物次級代謝產(chǎn)物的影響。平板霉素正是采用這種新篩選方法得到的產(chǎn)物。流感病毒的PA_N 蛋白高度保守,且具有核酸內(nèi)切酶活性,是抗流感藥物研發(fā)的潛在靶點。張國防等采用HTS體系,從372 種化合物中篩選出3 種對流感病毒H5N1 的PA_N蛋白抑制作用較好的化合物。將這3 種化合物分別與 PA _N蛋白進行分子對接模擬,結(jié)果顯示它們均可與 PA_N 蛋白活性位點的二價金屬離子和氨基酸殘基相互作用,從而為抗流感病毒藥物的發(fā)現(xiàn)提供了先導(dǎo)化合物。Canavaci 等建立了用化學(xué)發(fā)光方法檢 測β-半乳糖苷酶的HTS模型,以384 孔板為載體,篩選了NIH 化合物庫中的303 224 種化合物,得到4,394 種能對抗美洲錐蟲病的陽性樣品,隨后的毒性檢測顯示,其中有3,005 種化合物的 IC50 <10 μmol/L。本課題組將由Tecan公司的全自動工作站及其連續(xù)波長多功能酶標(biāo)儀組成的高通量篩選系統(tǒng)用于自主合成的化合物,包括β2 受體激動劑、PDE4 抑制劑、乙酰膽堿酯酶抑制劑以及自由基清除劑的大量篩選,得到了具有潛在藥理活性的先導(dǎo)化合物。
2 高內(nèi)涵篩選技術(shù)
2.1 高內(nèi)涵篩選技術(shù)的發(fā)展
細胞生物學(xué)研究已成為生命科學(xué)研究領(lǐng)域中最為重要的部分,尤其是步入到后基因組時代,科學(xué)家不再簡單割裂地研究單個基因或單個蛋白的功能,而是開始從一個功能整體的角度考慮問題。HTS 技術(shù)單指標(biāo)的篩選方法,已經(jīng)不能滿足藥物發(fā)現(xiàn)的需要,而且也不利于對化合物活性的綜合評價。因此,以多指標(biāo)多靶點為主要特點的高內(nèi)涵藥物篩選( High content screening,HCS) 技術(shù)應(yīng)運而生。
HCS的儀器一般由白色連續(xù)光源、多通道濾光片( 適于常用的熒光染料) 、顯微鏡模塊和高速高分辨率 的CCD照相機進行圖像獲取,同時還可以配備細胞培養(yǎng)和自動加樣模塊進行長時間全自動的實驗分析?;诩す獾挠布劢瓜到y(tǒng)使得自動對焦在200 ms以內(nèi),再結(jié)合軟件聚焦,完善了對拍攝對象的快速定位和圖像獲取。除了圖像獲取部分外,圖像采集、圖像分析和數(shù)據(jù)儲存也是高內(nèi)涵藥物篩選設(shè)備 的主要組成部分。
20 世紀(jì)70 年代Talyor等最早提出高內(nèi)涵概念,此后該課題組一直致力于開發(fā)定量研究細胞的新工具,1996 年,Talyor成立了 Cellomics 公司,并于1999 年研發(fā)生產(chǎn)了世界第一臺商用 HCS 儀器。
進入21 世紀(jì),單克隆抗體技術(shù)、細胞的制備方法、熒光染料的開發(fā)、儀器設(shè)備的改進以及計算機的發(fā) 展,使得HCS技術(shù)作為一門生物檢測技術(shù)已經(jīng)日臻完善,應(yīng)用領(lǐng)域日趨廣泛。
相對于HTS結(jié)果單一,HCS是篩選結(jié)果多樣化的一種篩選技術(shù)手段。HCS 模型主要建立在細胞水平,通過觀察樣品對固定或動態(tài)細胞的形態(tài)、生長、分化、遷移、凋亡、代謝及信號轉(zhuǎn)導(dǎo)等多個功能 的作用,涉及的靶點包括細胞的膜受體、胞內(nèi)成分、細胞器等,從多個角度分析樣品的作用,最終確定樣品的活性和可能的毒性。HCS 技術(shù)克服 了以往細胞研究領(lǐng)域的“串行”研究方法(即細胞周期→細胞毒理→信號轉(zhuǎn)導(dǎo)→代謝調(diào)控等)效率低、速度慢的弱點,在同一實驗中, 可完成各種對于細胞生理現(xiàn)象本質(zhì)的研究。
這不僅大大提高了研究效率,降低了研究成本,避免了大量的重復(fù)勞動,同時獲得了比之前成倍,甚至成百倍的海量數(shù)據(jù),為各項研究提供了第一手實踐材料。圖 1 直觀比較了HTS和HCS的共同點和差異性。從實驗載體上看,HCS 與 HTS 無顯著區(qū)別,均是在微孔板( Microplate) 上進行,兩者的樣品消耗量一致,實驗操作同樣簡單可行、自動化。
從實驗結(jié)果看,HTS 實驗結(jié)果單一,通常只獲得每個樣品孔的最終讀數(shù)。而 HCS 的實驗結(jié)果多樣化,既有樣品孔的最終讀數(shù),還有細胞計數(shù)、細胞形態(tài)學(xué)分析、細胞空間結(jié)構(gòu)分析、細胞成像等多種實驗結(jié)果。
圖1 HTS和HCS的共同點和差異性比較
2.2 高內(nèi)涵篩選技術(shù)的應(yīng)用
Baniecki等將HCS用于尋找抗瘧新藥,認(rèn)為使用基于圖像的 DAPI 惡性瘧原蟲生長實驗,可以 檢測到單個瘧原蟲;而使用DAPI惡性瘧原蟲生長實驗和[3H]標(biāo)記的次黃嘌呤實驗,96 孔板上得到 的讀數(shù)結(jié)果顯示,具有活力的瘧原蟲比例為0.25%。兩種實驗手段的結(jié)果比較表明,HCS 的靈敏度及 可靠性顯著提高。Xu等針對一系列與肝毒性直接相關(guān)的細胞表面形態(tài)變化,建立了一個 HCS 檢測 方案。在檢測300 多種藥物和化合物(其中包括許多可以導(dǎo)致人類罕見的肝毒性藥物)時,使用該檢測 方案,檢出率達50%~60%,假陽性率非常低,僅為0~5%。Moffat 等建立了一種基于 HCS 的方法,來鑒定有絲分裂進程中所必須的基因,并針對5,000 種表達獨特的shRNA、以1,028 個人類基因作為靶點的慢病毒載體進行篩選,篩選到約100 個( 新型) 增殖相關(guān)的候選調(diào)控元件。此外,在藥物毒性 篩選方面,采用基于熒光成像的 HCS 進行篩選,能夠從單個細胞水平觀察到細胞內(nèi)部正在發(fā)生的事件,實驗結(jié)果比傳統(tǒng)的MTT法的靈敏度更高,信息量更大,結(jié)果更可靠,從而降低了后續(xù)的藥物開發(fā)研究失敗的風(fēng)險。本實驗室建立了以核轉(zhuǎn)錄因子NFκB為靶標(biāo)的NFκB-U2OS細胞質(zhì)核轉(zhuǎn)染高內(nèi)涵篩選模型,通過自動獲取細胞質(zhì)與細胞核的熒光強度差值,陽性組的差值比陰性組差值大8 倍以上,說明 NFκB 在藥物刺激下入核明顯。96 孔板方法評估因子 Z - factor≥0.5。這一模型適于以NFκB為靶標(biāo)的高內(nèi)涵藥物篩選。
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